Der Transonator kann wie ein fokussiertes Hypertron-Feld, also wie ein hypertronischer Energiestrahl verstanden werden. Das beschossene Ziel wird an der getroffenen Stelle entmaterialisiert und in den Hyperraum abgestrahlt.

Paratronschirme bieten begrenzten Schutz gegen diese Waffe, was heißt: erst durch intensiven Beschuss wird ein Paratron überlastet, nicht schon durch den ersten Treffer. Ist der Schutzschirm neutralisiert, ähnelt die Wirkungsweise auf das Schiff  einem Desintegrator, die Materie wird an den getroffenen Stellen entmaterialisiert.

Jedoch bleiben keine Restbestände übrig wie beim Desintegrieren , sondern die Materie wird komplett in den Hyperraum abgestrahlt. Außerdem ist der Beschuss  eines Schiffes unglaublich effektiv, es wird keine Sekunde benötigt, um beispielsweise ein Loch quer durch ein NOVA-Raumschiff zu strahlen.

Der Transonator lässt sich natürlich auch fächern oder bündeln. Bei normaler Fokussierung hat das entstehende Loch einen Durchmesser von ca. 22 Metern, bei stärkster Fokussierung nur noch wenige Zentimeter.

Der Transonator wird in Raumschlachten benutzt. Er ist eine extrem effektive Waffe, da er auch stärkste Energieschirme überwinden und trotzdem wie ein chirurgisches Werkzeug benutzt werden kann im Gegensatz zur Transformkanone, welche zwar einen hohen Wirkungsgrad hat, aber dafür auch alles platt macht, was sich in Reichweite befindet.